《三國戰紀3》的操作與前作有些不同，而且在系統上有很大改進，游戲中加入了雙武將技能，可以召喚出神獸，聽起來這種設定非常吸引人，并且游戲中還加入了隱藏關，需要相應條件才能挑戰。

主要攻擊模式

A 輕攻擊 跟前作一樣有4下A (不同的是這帶可以空取消，不用打到人就能4下)

B 重攻擊 最多連打2下

C 跳躍

4C 緊急回避

A+B 跟B+C 武將技,會扣一顆七星玉,一個人最多擁有5顆七星玉

A+C 七星轉生(武將本命覺醒)

基本按鍵招式組合

1.A-A-A-A

2.A-B（挑空技，普通連招中只能一次）

3.A-A-B

4.B-B

雙武將技：神獸召喚

之后雙人站在一起同時使用A+B或是B+C(要靠很近)可已有三種神獸。

七星連珠系統

是一種將招式在按鍵配合之下所產生的連段。

是這次IGS的新系統之一。

另外所有角色在各自的序關(只有這關)。

都有黃色閃光來提示連段中是否可以產生七星連珠的連技。

沒有黃色閃光的連技,就不是七星連珠。

連技系統

連技方面以按鍵招式配合，例如a>a>a>b這些。

就算沒有攻擊目標按鍵時攻擊動作也不會停下。

而連技方面, 擊中敵人6hit后，敵人便會震空, 而連技方面是四招一式。

但一式和以前的不同，要以特別招數使用先可行，而且是全中的(即可說是五招)。

震空和轟飛

震空是指當敵人中了攻擊后，強制升起的情況，這時，是可以受到連招攻擊的。

但問題是若連招中未完成便不可再接其它基本招式。

轟飛是指當敵人中了攻擊后，會強制撞擊板邊飛到另一方，這時，任何基本招式不可再接。

其它系統

加入了任務系統，所以有時會出現任務，這時一般會出現字幕告訴你，通常會以對話中紅字表示。

還有，過往的道具是需要按鈕先可以拿到，現在已經不用了，因為經過時便會撿到。

挑戰隱藏關條件

①取得朱雀令(打朱雀,她在防守時被打中會掉出)。

②三國之殿取得蒼龍令,白虎令,玄武令之一(蒼龍令連蒼龍孫權22連,白虎令20秒內殺死白虎-嵐,玄武令40秒內殺死玄武曹操)。

③單打分數150W以上,雙打至少有一人達到133W。

呂布選法

繁體中文版調法（在貂禪處 下上上下 然后按住開始鍵 ABBCCA)

簡體中文版調法（在呂雙雙處 上下下上 然后按住開始鍵 CAABBC)

日文版調法（在呂雙雙處 上上下下 然后按住開始鍵 BCCAAB)

英文版調法( 在貂蟬處下下上上 然后按住開始鍵按鍵 AABBCC)